دوره امامت حضرت امام جعفر صادق علیه السلام یکى از طولانى ترین دوران هاى امامت ائمّه علیهم السلام به شمار مى رود. در فاصله سالهای 125 تا 132 هجری که دوره درگیری های بنی امیه و بنی عباس بر سر انتقال حکومت بود و همچنین در سال های اول استقرار حکومت نوپای عباسیان، فرصتی طلایی و استثنایی برای دمیدن روح و جان تازه بر پیکره اسلامی که در مدت یک قرن دستخوش انواع تحریفات قرار گرفته بود، به وجود آمد. امام صادق علیه السلام این فرصت را غنیمت شمردند و با تمام قوا وارد عرصه جهاد علمی برای احیا و بازسازى معارف اسلامى شدند و مکتب علمى عظیمى به وجود آوردند که محصول آن، چهار هزار شاگرد در رشته هاى گوناگون علوم بود، و اینان در سراسر کشور پهناور اسلامى آن روز پخش شدند. تأسیس چنین مکتب فکرى و این سان نوسازى و احیاگرى تعلیمات اسلامى، سبب شد که امام صادق علیه السلام به عنوان رئیس مذهب جعفرى (تشیع) مشهور گردد. حوزه هاى علمیه امروز شیعه امتداد حوزه آن روز حضرت است.